シェルスクリプトを書くというのはシンプルで枯れた方法ではありますが、実際には、シンプル「である」ことよりも（そうすべきではないのに）シンプルに「してしまっている」場合が結構あります。
たとえばこんな例。
#!/bin/bash mysqldump databasename > dump.sql
しかしこのままではmysqldumpが失敗した時にdump.sqlが空になってしまいますし、もしそうなった場合にそれを知る方法もありません。 現実問題として、もう少し細かい想定と対処が必須であるわけです。 たとえば ・既存バックアップのバックアップ ・上書き前の結果検証 ・ロールバック ・ログ記録 ・問題発生時のアラート発報 ・ユニットテストなど など。
一方、プログラムを書く場合というのは、こうしたレベルの処理を書くのはごく普通のことです。 言語やフレームワークによって、こうしたことを確実かつ安全に実行させるために、年月をかけて議論し対策を出してきたということだと思うのですね。 しかも、世の中にはアプリケーションやライブラリが多々あるわけですし、自分書くとしても、処理を分割してそれぞれモジュールを書けば良いわけで、毎回一から自分で書く必要もありません。
実はシェルスクリプトでも上記のような要件を押さえて書くことは可能ですので、シェルスクリプト自体がダメだということは無いのです。 ただ、シェルスクリプトで書いたとしても、プログラム言語で書くのと同じようなコード量になるでしょう。 であればプログラム言語で書けばいいじゃん！という結論になったわけです。